集高灵敏度、快速、高特异性于一身的qPCR,是分子诊断学最常用的一种方法;然而,大家常常会被它的异常曲线所困扰。比如,某个通道所有阴性样本的扩增曲线都向下倾(如下图)。今天,伯杰技术就与您分享导致这种“怪异曲线”的原因及解决方案。
原因分析
这种怪异曲线下倾的根本原因是qPCR仪矫正过度导致的,荧光的发射光谱是一个抛物线,常见的荧光物质FAM、 VIC、 ROX的发射光谱之间存在交叉(如下图),qPCR 仪通过计算减去因交叉误读的信号,常见的计算方法是:A 通道计算得到的信号(FA)= A通道检测的信号– B通道检测的信号*K,这个的K是机器预设的固定参数;有时,B通道串到A通道的实际信号的比值要小于固定参数K,设备在计算时就导致了A 通道扩增曲线向下倾斜的情况。
举个例子,在FAM通道检测的信号中,假设机器预设ROX通道串到FAM 通道的K=20%,但是实际上串到FAM 通道的ROX信号只占ROX通道检测信号的10%;而机器在计算时,只会按照预设的固定参数K=20%进行计算,即,FAM通道每次都会多减去10% ROX通道的检测信号。随着扩增ROX通道信号越来越大,FAM通道多减去的信号也越来越大,若此时FAM 通道是阴性样本,就导致扩增曲线倾斜的更严重。
解决方法
2、点击”Plate” → “Advanced Setup”,关闭其他通道,如下图所示:
3、点击”Results”,回到结果分析界面,然后,点击“Analyze”重新分析即可,如下图所示:
看,重新分析后的曲线,是不是清爽许多?回到了原来那熟悉的样子
(本文以ABI Q5仪器为例,其他机型如遇该问题,也可使用该方法调整、分析)